碳稅征收公平原則在個人和企業、國家中的實現。第一，碳稅征收公平原則在個人和企業中的實現。碳稅征收對低收入人群和能源密集型企業的影響較大，應采取一定的緩解和補償措施。環境惡化和資源枯竭帶來的環境成本主要轉移給了生活在環境中的民眾，低收入人群承擔了最多的環境成本。由于低收入人群的經濟條件限制，往往無法選擇自己的居住環境。在資源枯竭的情況下，能源價格上升，低收入人群相對高收入人群將更高比例的收入用于能源消耗，因此他們受到能源價格上升的影響更大。Bureau分析了征收碳稅對法國不同地區、不同收入階層的影響，認為如果對車輛排放的溫室氣體以31歐元/噸計算，那么富裕階層將失去總收入的1.9‰，而低收入階層將比富裕階層多失去總收入的4.4‰，可見，征收碳稅對窮人的影響要遠大于對富人的影響。⑦國外通常會對這些低收入者實行稅收優惠，通過借鑒國外的相關經驗，在征收碳稅的時候要給我國低收入階層一定的優惠及補貼，對于個人生活使用的煤炭和天然氣排放的二氧化碳應暫不征稅，尤其在我國的北方。

征收碳稅不僅會產生社會公平問題，而且也會給能源密集型企業造成較大的影響。我國應建立和完善相應的機制，給予一定的稅收減免，保護我國能源密集型產業的國際競爭力。同時，還要照顧到社會中收入較低的群體的生活，以及西部地區發展經濟的需要。相應的補償措施可以采取稅收返還或設定免征額的方式。

第二，碳稅征收公平原則在國家間的實現。首先，碳稅的征收對發達國家和發展中國家的影響有很大差別，我們要堅持共同但有區別的責任原則。《聯合國氣候變化框架公約》的序言中明確提出了共同但有區別的責任原則。由于發達國家的碳足跡最深，對全球溫室氣體的存量貢獻最大，而發展中國家歷史排放較少，為了滿足現在的經濟增長，所排放的溫室氣體總量有所增加，但人均排放量仍比發達國家低許多。序言的最后部分提出，消除貧困和實現經濟的持續增長是發展中國家正當的、首要的事項。各國應當在公平的基礎上，決心為當代和后代保護氣候系統。

美國強調沒有中國、印度等發展中大國的參與，減排目標將難以實現。并且美國已于2009年通過《清潔能源與安全法案》，將于2020年起對碳排放密集型產品征收CO2排放稅，為了避免對外貿易的損失，發展中國家也積極地籌劃在本國征收碳稅以應對綠色貿易壁壘。

其次，國際貿易中的隱含碳排放沒有體現在國家溫室氣體清單的編制中。依據“生產者污染負擔”原則對各國CO2排放進行核算易引起碳排放強度大的生產從發達國家向發展中國家轉移，從而引發碳泄漏問題，這將嚴重影響《京都議定書》預期所要達到的減排效果。如果采用“生產者與消費者共同負擔”原則，不但可以減少碳泄漏，而且能促使生產者和消費者都改變自身行為，減少對環境的破壞。

碳稅征收公平原則在我國不同區域間的實現。征收碳稅對不同地區的能源消耗和經濟發展的影響是不同的，因為各地區存在著能源資源稟賦、經濟發展水平、產業結構等方面的差異。我國東部地區的經濟比較發達，經濟增長是建立在高效率、低消耗的基礎上的，所以對東部沿海地區征收碳稅實際上能夠減少能源消耗、優化產業結構、促進經濟增長。而中、西部地區的經濟相對落后，經濟增長是建立在高消耗、低效率的基礎上的，所以對中、西部地區征收碳稅會抑制經濟的增長，使它們處于更不利的地位。這就需要在征收碳稅之前，首先優化中、西部地區的產業結構并提高能源的使用效率。⑧